Yeterli sayı ve kalitede embriyo varsa, uygulamaya katılan çiftin rızası alınarak embriyo dondurma yapılır. Birinci faydası, ilk uygulamada gebelik gerçekleşmezse, yumurtlama uyarısı yapılmaksızın embriyo transferine Yeterli sayı ve kalitede embriyo varsa, uygulamaya katılan çiftin rızası alınarak embriyo dondurma yapılır. Birinci faydası, ilk uygulamada gebelik gerçekleşmezse, yumurtlama uyarısı yapılmaksızın embriyo transferine izin verir. Böylece ilaç kullanılmamış ve yumurta toplama işlemi yapılmamış olur. Biliyoruz ki yaş ilerledikçe yumurta kalitesi bozulmaktadır. Daha önceden embriyoları dondurulmuş olan kadın bunları birkaç yıl sonra alabilecektir. Dondurulup çözdürülen embriyolardan gebelik olasılığı iyi donanımlı bir merkezde taze embriyolardan elde edilen gebelik şansına yakındır. Bunun için embriyo dondurma ve çözme çok dikkatle yapılmalıdır. Kullanılan dondurma sıvılarının yoğunlukları giderek artacak şekilde yapılmıştır. Bu sıvılar yardımıyla embriyonun içerisindeki su yavaş yavaş alınır, yerine donma sırasında genleşmeyip dolayısı ile zarın parçalanmasına neden olmayan bir madde geçer. Bu aşama embriyoya en az zararı verecek şekilde, belli ısıda ve sürede kademeli olarak yapılır. Bekleme süresi tamamlandığında embriyoların bulunduğu tüp veya dondurma çubuğu dondurucu alete yerleştirilir.Bu cihazın kalite ve kapasitesi de sağlıklı dondurmanın gerçekleşmesi için çok önemlidir. Dondurma programı embriyolog tarafından belirlenerek cihaza kaydedilir, buna göre program başlatılır. Prensip olarak ısı yavaş yavaş -30ºC’ye kadar düşürülür. Bundan sonra daha hızlı bir şekilde -150ºC’ye indirilir ve donmuş olan embriyolar içerisinde sıvı azot olan saklama kaplarının içerisine konur ve -180ºC de embriyolar saklanır. Çözdürme sırasında herhangi bir cihaz kullanılmaz. Dondurma sırasında kullanılan kimyasal sıvılar bu defa ters sırasıyla hazırlanır. Oda ısısına gelen embriyolar en yoğun sıvıya alınır. Bekleme süreleri dikkalice takip edilerek tekrar vücut ısısı olan 37ºC ye getirilen embriyolar, gazlı, nemli, sıcak enkübatöre konur. Dondurulduğu zamanda ki gününe ve sayısına göre ya aynı gün transfer edilir ya da bir iki gün takip edilerek bölünmeye devam eden kaliteli embriyolar seçilerek kullanılır. Genellikle bu yol tercih edilir. Bölünme ve kalite ne kadar iyi ise gebelik şansı o kadar fazladır. Dondurma ve çözdürme işlemi embriyo için aşırı travmatiktir. Bu sırada dayanıksız embriyolar daha çok hasar görebilir. Çözdürdükten sonra hiç kaliteli embriyo elde edilemezse veya laboratuarda takip edilirken gelişme gözlenemezse embriyo transferi iptal edilir.
